濟世助人一直是行天宮的宗旨，而濟世助人最直接的方式就是「行醫」，因此在民國七十年，行天宮的信徒大會中，眾多信徒即提出興建醫院之建議。經過多方的審慎考量，行天宮董事會於民國七十九年決議興建「恩主公醫院」；歷經七年的努力，以及七十多萬信徒的護持下，恩主公醫院終於在民國八十六年九月竣工，十月開始門診，十一月全面開放，並於八十七年三月三日，舉行隆重的開幕典禮。恩主公醫院乃行天宮以醫療從事濟世助人的一項公益志業，也是以宗教出世精神，落實入世社會服務的具體表現。 恩主公醫院開幕五個月後，升格為「地區教學醫院」，不久又通過為「緊急醫療網責任醫院」，八十八年七月再升格為「區域教學醫院」，九月行政院衛生署核准成立三峽橫溪分院，行天宮的醫療志業又邁向前一大步！